El submarino ARA "San Juan" S-42 navegaba desde el puerto de Ushuaia con destino a su apostadero natural en el puerto de Mar del Plata, luego de haber realizado una muestra de "Puertas Abiertas" al público en el puerto fueguino.
Allí hizo una escala junto a otras naves de la Armada Argentina tras haber participado de los ejercicios de "Operaciones integradas del Comando de Adiestramiento y Alistamiento", conformado por buques del Comando de la Flota de Mar, de la División de Patrullado Marítimo, del Comando de la Fuerza de Submarinos y aviones y helicópteros del Comando de la Aviación Naval, junto a personal y medios de la Fuerza de Infantería de Marina de la Flota de Mar y de la Fuerza de Infantería de Marina Austral.
Luego de haber zarpado el día 13 de noviembre de la Base Naval Ushuaia comenzó su derrotero por el Mar Argentino hacia el norte, debiendo comunicarse dos veces por día para indicar su posición, lo que cumplió hasta su última comunicación en la mañana del día miércoles 15. El mismo día, tras no haber recibido el segundo mensaje durante la tarde, se anotó la pérdida de contacto de radio.
Desde ese momento se presumió que el submarino estaba extraviado y se declaró el estado de "incertidumbre", previo al estado de "alerta" y, finalmente, de "peligro", de acuerdo a los dispositivos establecidos en los procedimientos SAR (Search And Rescue).
En un principio, tras la falta de contacto, el primer estado implica insistir en la comunicación hasta tomar contacto para localizar la nave; seguidamente, se calcula el derrotero más probable y se despliegan los dispositivos de búsqueda in situ.

Esta fase ocurrió el día jueves, cuando se informó a las familias de los tripulantes y se enviaron a la búsqueda un avión Turbo Tracker y un B-200 de la Armada Argentina basados en Punta Indio y zarparon el destructor ARA "Sarandí" y las corbetas ARA "Rosales" y ARA "Drummond", también se sumó un avión C-130 Hércules de la Fuerza Aérea Argentina y los P-3 Orión de la Armada.
Para ese momeno, el presidente de la Nación se había trasladado a la Residencia Presidencial de Chapadmalal, cercana a la Base de Submarinos de Mardel Plata y el ministro de Defensa regresó de inmediato desde Vancouver, Canadá, donde participaba de la Conferencia Ministerial sobre Defensa de la Paz de Naciones Unidas, UNPD, y se trasladó a Mar del Plata.
Ante el estado de alerta declarado por la Armada Argentina, Estados Unidos ofreció la asistencia de un avión P-3 Orión de la NASA, que se encontraba en Ushuaia, por lo cual se unió inmediatamente al rastrillaje.

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